Samurai X Reflection bercerita tentang 15 tahun kedepan setelah pertarungan mati-matian terakhir melawan Shishio Makoto. Cerita bermula ketika Kaoru menunggu Kenshin pulang ke Tokyo. Setelah menikah dengan Kaoru, dan dikaruniai seorang anak laki-laki bernama Kenji (mirip banget sama Kenshin), tetap saja Kenshin merasa ada sesuatu yang dia belum temukan.
Kenshin ingin dirinya lebih bisa menolong orang-orang yang ada disekitarnya, namun tidak menggunakan Pedang Bermata Terbaliknya *Sakabataou*. Sakabatou telah diberikan kepada Yahiko sebagai hadiah pendewasaan Yahiko yang telah tumbuh dewasa. Batosai tetaplah Batosai, Hidup dengan pedang maka matilah dengan pedang. Kata-kata itu yang terus menyelimuti Kenshin. Sehingga dia merasa perlu menemukan "jawaban" atas kata-kata tersebut serta menghilangkan luka mendalam dari luka tanda silangnya itu.
Hal itulah yang membuat Kenshin pergi berkelana meninggalkan Kaoru dan Kenji. Kaoru selalu menunggu Kenshin pulang kerumah dan memang Kenshin selalu pulang kerumah. Suatu hari, setelah berhari-hari menunggu kepulangan Kenshin, Kenshin tak kunjung kembali. Kesehatan Kaoru pun memburuk ditambah Kenji lari dari rumah untuk mengejar "kekuatan sejati".
Samurai X Reflection lebih bercerita dari sudut pandang Kaoru yang sangat mencintai Kenshin. Kenshin yang tidak bisa menghilangkan cerita lain dibalik luka tanda silangnya membuat Kaoru sedih dan terluka. Kenshin tidak pernah menceritakan penderitaan dan kesedihannya kepada Kaoru istrinya sendiri. Seakan tenggelam oleh masa lalu yang kelam, sebagai Pembunuh Nomor 1 di era Tokugawa membuat Kenshin tidak memperdulikan Kaoru.
